O time feminino de handebol Santos FC/CEPE/FUPES conquistou vários títulos ao longo dos anos, nas categorias de base Juvenil (17/18 anos) e Júnior (19/20 anos). Em 2020 foi vice-campeã Paulista Juvenil. O time conta com a filiação no CBC, Comitê Brasileiro de Clubes e se reforçou para a primeira vez disputar a Liga Nacional.
São 20 atletas comandadas pela técnica Monica Neves e o coordenador é Eduardo Freire.
